A csillagok alatt a Coruscant bolyg�t l�tjuk, majd n�h�ny nabooi vad�szg�pet, melyeket egy ez�st�sen csillog�, bumer�ng form�j� haj� k�vet. Amikor a csapat lesz�ll a nekik kijel�lt helyen, �s a szen�tori haj� r�mp�ja leereszkedik, a lesz�ll�p�ly�t robban�s r�zza meg. A mer�nylet c�lpontja Padm� Amidala szen�tor ), aki azonban nem a haj�n utazott, hanem az egyik vad�szg�p pil�taf�lk�j�ben, R2-D2 t�rsas�g�ban, �gy meg�ssza a robban�st. Helyette egyik udvarh�lgye, Cord�  esik �ldozatul. A Jedi Tan�cs Palpatine f�kancell�r   k�r�s�re Obi-Wan Kenobit  �s ifj� tan�tv�ny�t, Anakint Skywalkert  megb�zza Amidala szen�tor v�delmez�s�vel.
Ezid�t�jt a szen�tusban heves vit�k folynak arr�l, hogy egy saj�t k�zt�rsas�gi hadsereg l�trehoz�s�val meg�rizhet�-e az egys�g, �s megakad�lyozhat�-e, hogy Count Dooku  v�ghez vigye elszakad�si sz�nd�k�t. Egyesek felvetik egy kl�nhadsereg l�trehoz�s�nak terv�t, melynek k�lts�geit n�h�ny befoly�sos gazdas�gi szervezet mag�ra is v�llaln�. Az Amidala szen�tor elleni mer�nylet h�r�re m�gink�bb feler�s�dnek azok a hangok, miszerint a K�zt�rsas�g olyan s�lyos v�ls�gba jutott, hogy azonnal l�pni kell a rend �s a k�zbiztons�g vissza�ll�t�sa �rdek�ben.

Nem sokkal k�s�bb �jabb mer�nyletet k�vetnek el a szen�tor ellen. �jszaka egy p�kszer� droid lop�dzik a szen�tori lakoszt�ly h�l�szob�j�ba, �m R2-D2 figyelmeztet�s�re Obi-Wan �s Anakin azonnal ott terem, s megakad�lyozza a gyilkoss�got. A droid, melyet a t�volb�l k�ldtek, az ablakon kereszt�l megpr�b�l elmenek�lni, de Obi-Wan ut�na veti mag�t, s a h�t�ra kapaszkodva eljut az igazi mer�nyl�h�z, egy maszkot �s p�nc�lt visel� fejvad�szhoz, aki a t�volban v�rja a gyilkos g�pet. Amikor a fejvad�sz megl�tja, hogy egy Jedi utazik a robot h�t�n, t�zet nyit r�, majd megpr�b�l elmenek�lni a robog�j�n. K�zben Anakin szerez egy sikl�t, �s a k�t Jedi a mer�nyl� nyom�ba ered. Megkezd�dik az �ld�z�s Coruscant felh�karcol�i k�z�tt, melynek sor�n a fejvad�sz a v�ros als�bb szintjei fel� veszi az ir�nyt. Mikor a Jedik megpr�b�lj�k meg�ll�tani, a fejvad�sz karambolozik, s futva menek�l tov�bb. A k�t Jedi v�g�l egy �jszakai klubban fogja el Zam Wesellt, a mer�nyl�t, �m legnagyobb meglepet�s�kre a maszk alatt egy l�ny arca rejt�zik . Az utc�ra cib�lva megpr�b�lj�k kivallatni Wesellt, ki �s mi�rt akarja holtan l�tni Padm�t, �m miel�tt b�rmit v�laszolhatna, a l�nnyal egy k�l�n�s fegyver v�gez. A fegyvert egy m�sik fejvad�sz l�vi ki az utca t�ls� v�g�b�l. Az alak mandalor p�nc�lt visel, s beind�tva h�tirak�t�j�t, elt�nik az �jszak�ban.
M�snap reggel Palpatine f�kancell�r megbesz�l�st h�v �ssze a dolgoz�szob�j�ba, melyen n�h�ny szen�tor �s Jedi mester vesz r�szt, s az elm�lt napok esem�nyeir�l ejtenek sz�t. A jelen l�v�k k�z�tt van Bail Organa szen�tor  �s Jar Jar Binks  is, aki ekkor a gung�k n�p�t k�pviseli a Szen�tusban. Amidala szen�tor elmondja, hogy a mer�nyletek h�tter�ben Count Dookut sejti, aki bizony�ra �gy akar zavart teremteni a K�zt�rsas�gban. A Jedik azonban nem �rtenek vele egyet. Dooku ugyanis kor�bban a Jedi rend tagja volt, s nem val�sz�n�, hogy ilyesmire vetemedne. Palpatine sem �rt egyet Padm� �rvel�s�vel. V�lem�nye szerint Count Dookunak nem �ll �rdek�ben ennyire ki�lezni a konfliktust, hiszen ha h�bor�t robbantana ki, abban val�sz�n�leg alul maradna. A h�bor� hallat�n ism�t felvet�dik a kl�nhadsereg fel�ll�t�s�nak gondolata, �m Palpatine l�tsz�lag csak v�gs� megold�sk�nt lenne hajland� ezt elfogadni.

K�zben Obi-Wan �s Anakin megpr�b�lja kider�teni, mif�le furcsa szerkezet az, ami v�gzett Zam Wessellel. Ell�togatnak egy coruscanti gyors�tkezd�be, melynek tulajdonosa Jettster Dexter, Obi-Wan r�gi ismer�se, s az eff�le szerkezetek j� ismer�je. Dextert�l meg is tudj�k, hogy a fegyvert kyber ny�lnak h�vj�k, s a Kamino bolyg�r�l sz�rmazik, mely a K�zt�rsas�g hat�r�ra esik. Jettster sem tud sokat a Kaminor�l, csak annyit, hogy lak�i igen fejlett kl�ntechnol�gi�val rendelkeznek, s f�ltve �rzik azt. Obi-Wan ezut�n felkeresi a Jedi Templom k�nyvt�r�t, ahol a k�nyvt�r vezet�je, Jocasta Nu �s a PK-14 jelz�s� analiz�l� droid seg�ts�g�vel pr�b�l inform�ci�khoz jutni a bolyg�r�l, �m legnagyobb meglepet�s�kre semmit nem tal�lnak. A Jedi K�nyvt�rban rengeteg feljegyz�s tal�lhat� a K�zt�rsas�g �s a Jedik m�ltj�r�l. Obi-Wan itt megpillantja az egykori Jedi mester, Count Dooku mellszobr�t, aki k�r�l manaps�g a politikai esem�nyek zajlanak. Dooku imm�ron t�z �ve, r�viddel a nabooi konfliktus ut�n l�pett ki a rendb�l, s kezdett politikai karriert. Jocasta Nu elmondja Obi-Wannak, milyen nagy vesztes�g volt az � t�voz�sa, melynek igazi ok�t senki nem ismeri.
Miut�n Obi-Wan besz�mol a Jedi Tan�csnak, a mesterek �gy d�ntenek, hogy a legjobb az lesz, ha Kenobi mester folytatja a kutat�st, s a Kamino bolyg�ra utazik. Amidala szen�tornak pedig azt javasolj�k, hogy utazzon haza a Naboora, ahol t�vol lehet Coruscant forgatag�t�l, s biztons�gban az ifj� Skywalker oltalma alatt.
�gy h�t Obi-Wan egy Jedi vad�sz fed�lzet�n elindul �tic�lja fel�, b�r nem sz�vesen hagyja mag�ra a tan�tv�ny�t. Anakin, Padm� �s a droidja, Artu pedig a felt�n�st ker�lend� egy Naboora tart� utassz�ll�t�ra sz�ll.

Az utaz�s sor�n Padm� �s Anakin egyre k�zelebb ker�l egym�shoz, s bar�ts�guk lassan szerelemm� v�lik. A Naboora �rkezve felkeresik a bolyg� �j uralkod�j�t, Jamillia kir�lyn�t (Ayesha Dharker), aki hallv�n, hogy Padm� milyen vesz�ly el�l menek�l, felaj�nlja minden seg�ts�g�t. Ezut�n ell�togatnak Padm� sz�l�faluj�ba, mely a hegyek k�z�tt, egy t� partj�n fekszik. Anakin itt megismerkedik a l�ny sz�leivel, n�v�r�vel �s unokatestv�r�vel. Padm� sz�lei agodalommal hallj�k, hogy valaki a l�nyuk �let�re t�r, de Anakin megnyugtatja �ket, hogy minden �ron megv�delmezi a l�nyt am�g a mestere, Obi-Wan ki nem der�ti, ki �ll a mer�nyletek h�tter�ben.
Padm� �s Anakin j�l �rzi mag�t a hegyek k�z�tt, de Anakint egyszerre zavarni kezdi, hogy a l�ny sz�lei el�tt egyre ny�lv�nval�bb� v�lik kettej�k kapcsolata, mely ellent�tes a Jedi K�dex szab�lyaival. Padm� azonban meggy�zi Anakint, hogy szerelm�ket v�llalniuk kell a vil�g el�tt.
Anakin az ut�bbi id�ben sokszor �lmodott az �desanyj�val, s ezekr�l az �lmokr�l Obi-Wannak is besz�molt, de egyik�k sem tal�lt magyar�zatot a dologra. Egyik �jszaka a Naboon hasonl� �lom gy�tri a fi�t, de minden kor�bbin�l v�szj�sl�bb. M�snap reggel Padm� medit�l�s k�zben tal�lja a Jedit. Anakin nem tudja, mit tegyen. Legsz�vesebben elmenne a Tatooinera megkeresni az anyj�t, hogy l�ssa, hogyan �l most, s j�l van-e. De akkor szembeker�l a Jedi Tan�cs akarat�val, �s mag�ra hagyn� Padm�t. V�g�l Padm� �gy d�nt, vele megy a Tatooinera, �s term�szetesen Artu is vel�k tart. Jamillia kir�lyn� ad nekik egy haj�t, amin felkerekednek

Anakin, Padm� �s Artu meg�rkezik a Tatooinera, s felkeresi Watto boltj�t. Watto aki sokat �regedett az elm�lt t�z �v sor�n, elmondja nekik, hogy Anakin anyja m�r nem lakik n�la, mert egy Cliegg Lars nev� farmer  megvette, felszabad�totta, �s feles�g�l vette. Ekkor felkeresik a Lars farmot, ahol megtal�lj�k Cliegg-t, a fi�t, Owent �s egy Beru Whitesun nev� l�nyt Cliegg nemr�g t�rt vissza a sivatagb�l, ahol egy kis csapat seg�ts�g�vel eg�sz d�lut�n Shmit (Pernilla August) kereste, akinek m�r r�gen haza kellett volna �rnie. A n�t keres� emberekre azonban buckalak�k t�madtak, �gy nem folytathatt�k a kutat�st. Anakin ennek hallat�n felpattan Owen robog�j�ra, �s anyja keres�s�re indul a sivatagban. Buckalak�k fogs�g�ban tal�lja meg a sebes�lt asszonyt, aki nem sokkal k�s�bb meghal. Anakin hirtelen felindul�s�ban bossz�t �ll a buckalak�kon. K�zben Padm� megtal�lja a Lars farm m�hely�ben C-3PO  v�z�t, �s az ott tal�lt anyagokb�l befejezi a droidot. Anakin reggel t�r vissza a sivatagb�l a szomor� h�rrel.

Amikor Jango Fett �szreveszi, hogy Obi-Wan k�veti �ket a haj�j�n, egy aszteroida mez�be csalja a Jedit, hogy �gy r�zza le. Obi-Wan g�pe megs�r�l az aszteroid�k k�z�tt, de nem pusztul el, �s a nyomk�vet� seg�ts�g�vel folytatni tudja Jango �ld�z�s�t. Jango a Geonosis bolyg�ra rep�l, s Obi-Wan is lesz�ll a bolyg�n. A Geonosis kietlen, szikl�s bolyg�. �p�leteket sem tal�lni, csak a term�szet �ltal alkotott toronyszer� k�pz�dm�nyeket, melyekben a geonosisiak kialak�tott�k lakhelyeiket. Obi-Wan felfedezi, hogy a bolyg�n sz�mos droidgy�r m�k�dik, ahol ezr�vel gy�rtj�k a harci droidokat. Ekkor kapcsolatba l�p Anakinnel, �s arra k�ri, figyelmeztesse a Jedi Tan�csot, hogy valakik h�bor�ra k�sz�lnek a K�zt�rsas�g hat�rvid�k�n. �m az �zenet megszakad, mert Obi-Wan fogs�gba esik.
Anakin �s Padm� tov�bb�tja Obi-Wan �zenet�t Coruscantra, �s maguk is elindulnak a Geonosisra, hogy seg�tsenek a Jedi mesternek. Magukkal viszik Artut �s Szr�pi�t is, akit Owen nekik aj�nd�koz, mint r�gi eml�ket. Nem sokkal azut�n, hogy meg�rkeznek a Geonosisra, Padm� �s Anakin is fogs�gba esik, �s Obi-Wan cell�j�ba ker�lnek. Kider�l, hogy a Geonosis Count Dooku b�v�helye, aki itt tal�lkozik titkos k�zt�rsas�gi sz�vets�geseivel, mint p�ld�ul a Kereskedelmi Sz�vets�g vezet�ivel.

Padm�t �s a k�t Jedit egy f�ldbe v�jt ar�n�ba vezetik, ahol egy-egy p�zn�hoz k�t�zik �ket. Dooku, Jango �s a t�bbi d�szvend�g p�holyb�l n�zi, ahogy az ar�n�ba engedik a reek nev� sz�rnyet, hogy felfalja a h�rom foglyot.
�m ekkor Mace Windu vezet�s�vel Jedi lovagok t�rnek be az ar�n�ba, s kiszabad�tj�k a foglyokat. V�laszk�nt Dooku parancs�ra t�bbezer harcidroid lepi el a k�zd�teret, �s megkezd�dik az �sszecsap�s. Dooku menek�lni pr�b�l, de Obi-Wan �s Anakin a nyom�ba ered. Mace Windu pedig Jango Fettel v�v csat�t. V�g�l a reek vet v�get kettej�k k�zdelm�nek, s v�gez a fejvad�sszal. Boba Fett a felsz�ll� Slave 1 pil�taf�lk�j�b�l n�zi v�gig �apja" hal�l�t.
Anakin, Obi-Wan �s Dooku a rossz �tra t�rt Jedi haj�ja el�tt v�v meg egym�ssal. Dooku megmutatja, hogy nem hi�ba tartott�k a Jedi mesterek egyik lagnagyobbik�nak, s kider�l, hogy az elm�lt t�z �vben megismerkedett a S�t�t Oldal praktik�ival is.
Az ar�n�ban k�zd� Jedik s�lyos vesztes�geket szenvednek, s a gyilkos droidok folyamatosan �z�nlenek befel�. A csat�nak v�g�l az vet v�get, hogy Yoda vezet�s�vel meg�rkezik a K�zt�rsas�gi flotta, s a kamin�i kl�nok ezrei legy�zik a droidhadsereget.
Dooku k�zben megpr�b�lja megingatni a k�t Jedit, s felfedi, val�j�ban mi�rt hagyta ott a rendet V�g�l Yoda k�zbeavatkozik, s r�vid k�zdelem ut�n menek�l�sre k�nyszer�ti Dookut.

A h�bor� megkezd�d�tt:

A harc ut�n Anakin �s Padm� visszat�r a Naboora, �s a l�ny csal�dja el�tt h�zass�got k�tnek.
K�zben Count Dooku titokban Coruscantra �rkezik, ahol tal�lkozik a Sith vez�rrel, Darth Sidiousszal, akinek h�r�t t�z �ve senki nem hallotta. Kider�l, hogy Dooku Sidious sz�vets�ges�v� �s tan�tv�ny�v� v�lt. Dooku �r�mmel sz�mol be mester�nek, hogy a h�bor� megkezd�d�tt.
A Jedi Templom erk�j�r�l Yoda mester, Obi-Wan Kenobi �s a Jedi Tan�cs megfogyatkozott tagjai figyelik, ahogy csapatsz�ll�t� haj�k sz�llnak fel, s kl�nok ezrei indulnak el a galaxis minden pontj�ba, hogy szembesz�lljanak a K�zt�rsas�g ellens�geivel.